Historia Segunda Parte El secuestro de Gaara Realiza su primera aparición en el capítulo 280 del manga tras la batalla de Konoha contra Akatsuki en la Aldea de la Arena, la extracción del Shukaku de Gaara, cuando Zetsu y él, en calidad de subordinado, van a buscar el cuerpo de Sasori, para recuperar su anillo. Él es quien encuentra la joya y se la apropia, diciendo que ahora que ha quedado un hueco puede entrar en Akatsuki. Una de las mitades de Zetsu se opone, pero la otra, la blanca, le apoya en esto. Finalmente sustituye a Sasori. Encontró también el brazo derecho de Deidara, pero él apareció para recogerlo antes de que Tobi pudiera hacer nada. La nueva pareja Akatsuki: Tobi y Deidara Después de esto, paso a ser el compañero de Deidara, con quien tuvo que capturar a Sanbi, el Bijū de tres colas. Del combate sólo se ve cómo el monstruo persigue a Tobi, y cómo Deidara hace explotar uno de sus animales de arcilla junto a él para debilitarlo. Tras la victoria del equipo, Tobi afirma que lo consiguieron gracias a su poderoso jutsu no mostrado, aunque su compañero discrepa de esto ya que Sanbi no poseía a ningún jinchūriki que lo hiciera realmente peligroso para ellos. Sasuke contra Deidara Tras la derrota de Orochimaru a manos de Sasuke Uchiha, su hermano mayor Itachi se perfila como el siguiente objetivo del Uchiha y su equipo Hebi, así pues Akatsuki se pone en estado de alerta, Deidara y Tobi logran encontrar a Sasuke antes que nadie y entablan batalla con él. En un primer momento se esconde de él por el miedo que le provocó la mirada de Sasuke al comparar su parecido con el de Itachi y al comenzar un combate recibe una estocada del Chokuto de Sasuke gracias a su Sunshin jutsu no obstante el extraño Akatsuki se levanta indemne. Deidara toma la iniciativa del combate con su C1 pero Sasuke logra volver su estrategia contra él y hacerlo retroceder. Cuando Deidara se ve forzado a usar su C2, Tobi se encarga de colocar minas bajo el suelo con (lo que parece) un jutsu del tipo tierra (como el que usa Kakashi para esconderse bajo la tierra). Después de eso se mantiene al margen de la pelea mientras Deidara y Sasuke combaten. Cuando su senpai resulta derrotado por el Uchiha a pesar de haber usado su C4 y decide suicidarse, Tobi se encuentra en el radio de la explosión (10 kilómetros) y el propio Pein lo da por muerto cuando informa al resto de la organización de la derrota de Deidara, Kisame se burla de él y le atribuye la única habilidad de alegrar una organización tan oscura como es Akatsuki. Jiraiya contra Pain Sin embargo, el propio Tobi se presenta más tarde mostrando su Sharingan ante Konan y Pein y sostiene que los ojos de Sasuke sobrepasarán a los de Itachi al tiempo que encomienda la caza del Kyubi a Pein. Después se le ve sentado en el Valle del Fin cuando Jiraiya habla sobre Uchiha Madara y como sospecha de su responsabilidad en el ataque de Kyubi a Konoha justo antes de iniciar su combate. Itachi contra Sasuke El equipo de Konoha se encuentra con Tobi cuando tratan de seguir a Sasuke (que ha partido a su enfrentamiento con su hermano Itachi). Naruto intenta derrotar rápidamente con su Rasengan, no obstante sus jutsus y ataques no surten efecto en Tobi, que toma la delantera del breve combate y se burla de él. Las formaciones de ataque de Konoha no sirven contra Tobi, que parece poder hacer desaparecer su cuerpo a voluntad, Shino Aburame logra ubicarlo y alcanzarlo con su Hijutsu Mushidama y drenarle su chakra, cuando parece atrapado desaparece (según Kakashi usando un jutsu espacio-temporal). Zetsu llega para informar de la muerte de Itachi y la victoria de Sasuke, Tobi admite haber previsto esto, y se dispone a marcharse, en ese momento su sharingan se cruza con el de Kakashi. Identidad real :En el capítulo 364 del manga, Tobi es revelado como la persona que maneja Akatsuki, dándole ordenes a Pain (quien hasta el momento se había mostrado como líder), y se nombra a sí mismo como Madara Uchiha a la vez que muestra el sharingan en su ojo derecho. Se explica que su longevidad se debe a su Chakra único que le permite ser más fuerte y longevo que el ninja promedio. Aparece en otro capítulo encima de la estatua de Madara Uchiha en el Valle del Fin, lugar donde se llevó a cabo la pelea entre Naruto y Sasuke al final de la primera parte de la serie. Pein le dice a Zetsu al final de su pelea con Jiraiya que Madara le había ordenado capturar a Kyūbi, refiriéndose a Tobi. Posteriormente Kisame Hoshigaki al verle la cara le reconoce como el Mizukage.